導則明確要求，工程分析時(shí)段應涵蓋勘察期、施工期、運營(yíng)期和退役期，即應全過(guò)程分析，其中以施工期和運營(yíng)期為調查分析的重點(diǎn)。在實(shí)際工作中，針對各類(lèi)生態(tài)影響型建設項目的影響性質(zhì)和所處的區域環(huán)境特點(diǎn)的差異，其關(guān)注的工程行為和重要生態(tài)影響會(huì )有所側重，不同階段有不同階段的問(wèn)題需要關(guān)注和解決。

勘察設計期一般不晚于環(huán)評階段結束，主要包括初勘、選址選線(xiàn)和工程可行性(預)研究報告。初勘和選址選線(xiàn)工作在進(jìn)入環(huán)評階段前已完成，其主要成果在工程可行性(預)研究報告會(huì )有體現;而工程可行性(預)研究報告與環(huán)評是一個(gè)互動(dòng)階段，環(huán)評以工程可行性(預)研究報告為基礎，評價(jià)過(guò)程中發(fā)現初勘、選址選線(xiàn)和相關(guān)工程設計中存在環(huán)境影響問(wèn)題應提出調整或修改建議，工程可行性(預)研究報告據此進(jìn)行修改或調整，最終形成科學(xué)的工程可行性(預)研究報告與環(huán)評報告。

施工期時(shí)間跨度少則幾個(gè)月，多則幾年。對生態(tài)影響來(lái)說(shuō)，施工期和運營(yíng)期的影響同等重要且各具特點(diǎn)，施工期產(chǎn)生的直接生態(tài)影響一般屬臨時(shí)性質(zhì)的，但在一定條件下，其產(chǎn)生的間接影響可能是永久性的。在實(shí)際工程中，施工期生態(tài)影響注重直接影響的同時(shí)，也不應忽略可能造成的間接影響。施工期是生態(tài)影響評價(jià)必須重點(diǎn)關(guān)注的時(shí)段。

運營(yíng)期一般比施工期長(cháng)得多，在工程可行性(預)研究報告中會(huì )有明確的期限要求。由于時(shí)間跨度長(cháng)，該時(shí)期的生態(tài)和污染影響可能會(huì )造成區域性的環(huán)境問(wèn)題,如水庫蓄水會(huì )使周邊區域地下水位抬升，進(jìn)而可能造成區域土壤鹽漬化甚至沼澤化、井工釆礦時(shí)大量疏干排水可能導致地表沉降和地面植被生長(cháng)不良甚至荒漠化。運營(yíng)期是環(huán)評必須重點(diǎn)關(guān)注的時(shí)段。

退役期不僅包括主體工程的退役，也涉及主要設備和相關(guān)配套工程的退役。如礦井(區)閉礦、渣場(chǎng)封閉、設備報廢更新等，也可能存在環(huán)境影響問(wèn)題需要解決。