工程分析應涉及勘察設計期、施工期和運營(yíng)期，以施工期和運營(yíng)期為主，按水環(huán)境（或海洋環(huán)境）、環(huán)境生態(tài)、環(huán)境空氣、聲環(huán)境和固體廢棄物等環(huán)境要素識別影響源和影響方式，并估算源影響源強。

可研和初步設計期工程分析的重點(diǎn)是碼頭選址和航路選線(xiàn)。

施工期是航運碼頭工程產(chǎn)生生態(tài)破壞和環(huán)境污染的主要環(huán)節，重點(diǎn)考慮填充造陸工程、航道疏浚工程、護岸工程和碼頭施工對水域環(huán)境和生態(tài)系統的影響，說(shuō)明施工工藝和施工布置方案的合理性，從施工全過(guò)程識別和估算影響源。

運營(yíng)期主要考慮陸域生活污水、運營(yíng)過(guò)程中產(chǎn)生的含油污水、船舶污染物和碼頭、航道的風(fēng)險事故。海運船舶污染物（船舶生活污水、含油污水、壓載水、垃圾等）的處理處置有相應的法律規定。同時(shí)，應特別注意從裝卸貨物的理化性質(zhì)及裝卸工藝分析，識別可能產(chǎn)生環(huán)境污染和風(fēng)險事故。