根據第八屆全國人民代表大會(huì )第一次會(huì )議批準的國務(wù)院機構改革方案，保留水利部。水利部要根據水利行業(yè)的特點(diǎn)，適應建立社會(huì )主義市場(chǎng)經(jīng)濟體制的要求，本著(zhù)精簡(jiǎn)、統一、效能的原則，轉變職能，理順關(guān)系，精兵簡(jiǎn)政，提高效率，深化水利改革，促進(jìn)水利事業(yè)的發(fā)展。

　　一、職能轉變

　　按照國家行政管理體制改革的總體要求，水利部要進(jìn)一步轉變觀(guān)念，轉變職能，強化水利行業(yè)管理和水資源的統一管理。加強水利發(fā)展戰略、規劃和政策、法規及關(guān)系國計民生的大江大河大湖治理、防汛抗旱、農村水利、水土保持等方面的職能，搞好規劃、協(xié)調、監督、管理、服務(wù)。把人、財、物的具體管理和專(zhuān)業(yè)性、技術(shù)性較強的業(yè)務(wù)工作轉移給事業(yè)單位，把屬于企業(yè)的權利下放給企業(yè)。

　　加強和充分發(fā)揮流域機構的作用。流域機構作為水利部的派出機構，在本流域內行使水行政主管部門(mén)的職責。逐步建立起水利部、流域機構和地方水行政主管部門(mén)分層次、分級管理的國家水行政管理體制。

　　二、主要職責

　　水利部是國務(wù)院主管水行政的職能部門(mén)，統一管理全國水資源和河道、水庫、湖泊，主管全國防汛抗旱和水土保持工作，負責全國水利行業(yè)的管理。主要職責是：

　�。ㄒ唬┴撠煛吨腥A人民共和國水法》、《中華人民共和國水土保持法》等法律、法規的組織實(shí)施和監督檢查。研究制訂水利工作的方針、政策、法規和規章制度。

　�。ǘ�）組織制訂全國水利發(fā)展戰略規劃、中長(cháng)期和年度計劃。組織制訂全國主要江河、國際河流（湖泊）和省際河流（湖泊）的流域（區域）綜合規劃和有關(guān)專(zhuān)業(yè)規劃并負責監督實(shí)施。

　�。ㄈ�）統一管理全國水資源。負責組織全國水資源的監測和調查評價(jià)。會(huì )同有關(guān)部門(mén)制訂全國和跨省水長(cháng)期供求計劃、水量分配方案并負責監督管理。組織實(shí)施取水許可制度。歸口管理全國節約用水工作。對水資源保護實(shí)施監督管理。受?chē)鴦?wù)院委托協(xié)調處理部門(mén)間和省、自治區、直轄市間的水事糾紛。

　�。ㄋ模┲鞴苋珖�河道、水庫、湖泊（包括人工水道、行洪區、蓄洪區、滯洪區）、河口灘涂和海堤等水域及其岸線(xiàn)。負責大江大河大湖的綜合治理和開(kāi)發(fā)。

　�。ㄎ澹┲鞴苋珖�防汛抗旱工作，負責國家防汛抗旱總指揮部的日常工作。

　�。�六）主管全國水土保持工作。

　�。ㄆ撸┕芾砣珖�農村水利和鄉鎮供水、人畜飲水工作。

　�。ò耍┴撠煶鞘械乇硭�供水水源建設、水環(huán)境保護等城市水利工作。

　�。ň牛┙M織建設和管理水利系統的水電站及小電網(wǎng)。負責國務(wù)院安排的第二批農村水電電氣化縣建設。

　�。ㄊ�）配合國家綜合經(jīng)濟管理部門(mén)制訂有關(guān)水利的財務(wù)政策及價(jià)格、稅收、信貸等經(jīng)濟調節措施并組織實(shí)施。按照國家有關(guān)規定監督水利系統國有資產(chǎn)的保值增值。

　�。ㄊ�一）對全國水文工作實(shí)行行業(yè)管理。

　�。ㄊ�二）對全國水工程建設進(jìn)行行業(yè)管理，負責組織建設和管理具有控制性的或跨�。ㄗ灾螀^、直轄市）的重要水工程。對全國水利工程、水利綜合經(jīng)營(yíng)和水庫移民實(shí)行行業(yè)管理。

　�。ㄊ�三）負責管理水利科技、教育、國際合作，會(huì )同有關(guān)部門(mén)辦理國際河流的涉外事宜。指導和管理全國水利隊伍的建設。

　�。ㄊ�四）承辦國務(wù)院交辦的其他事項。

　　三、內設機構

　　根據上述職責，水利部設13個(gè)職能司和機關(guān)黨委。

　�。ㄒ唬┺k公廳

　　協(xié)助部領(lǐng)導組織機關(guān)日常工作；對各司工作進(jìn)行綜合協(xié)調；負責重大會(huì )議的組織；負責對外宣傳、秘書(shū)、公文、政務(wù)信息、檔案、保衛、保密、信訪(fǎng)工作及機關(guān)內部規章制度建設。

　�。ǘ�）規劃計劃司

　　組織編制國家水利發(fā)展戰略、流域規劃、中長(cháng)期計劃和年度計劃，會(huì )同有關(guān)部門(mén)制訂水長(cháng)期供求計劃；負責大中型和直屬水利水電基建項目的建議書(shū)和可行性研究報告的立項申報和審批；組織協(xié)調流域開(kāi)發(fā)工作；負責水利綜合統計工作。

　�。ㄈ�）水政水資源司

　　主管水利行業(yè)政策法規、體制改革和水利執法工作；負責水資源統一管理和保護工作；負責組織實(shí)施取水許可制度和水資源費征收管理制度；歸口協(xié)調省際和部門(mén)間的水事糾紛；主管全國節約用水和城市供水水源規劃工作；會(huì )同有關(guān)部門(mén)制訂跨省的水量分配方案并組織實(shí)施。

　�。ㄋ模┴攧�(wù)司

　　負責全國水利行業(yè)的財務(wù)、會(huì )計管理；制訂水利行業(yè)各項經(jīng)濟調節措施；對水利資金和經(jīng)營(yíng)管理進(jìn)行宏觀(guān)調節；對水利系統的國有固定資產(chǎn)進(jìn)行監督管理；主管部屬單位的財務(wù)工作，指導全國水利綜合經(jīng)營(yíng)。

　�。ㄎ澹┤耸聞趧�(dòng)司

　　負責部機關(guān)、直屬單位的機構編制和人事管理工作；組織實(shí)施國家公務(wù)員制度；負責專(zhuān)業(yè)技術(shù)職務(wù)評聘工作；主管本行業(yè)勞動(dòng)工資、勞動(dòng)保護和社會(huì )保險工作。

　�。�六）國際合作司

　　負責辦理政府間有關(guān)水利方面的涉外事宜，主管水利行業(yè)對外經(jīng)濟、技術(shù)合作與交流。

　�。ㄆ撸┛萍冀逃�司

　　負責編制全國水利科學(xué)技術(shù)和教育發(fā)展規劃；管理部屬科研機構和院校；組織重大水利科學(xué)研究和技術(shù)推廣工作；主管水利行業(yè)技術(shù)標準、規程規范、技術(shù)和質(zhì)量監督工作；歸口管理全國高中等院校水利類(lèi)專(zhuān)業(yè)和水利行業(yè)職工培訓工作。

　�。ò耍┙ㄔO司

　　組織和協(xié)調部屬重點(diǎn)水利水電工程的建設；組織重點(diǎn)建設項目的國家級驗收；對全國水工程建設進(jìn)行行業(yè)管理；主管全國水利水電工程建設監理工作。

　�。ň牛┧�電及農村電氣化司

　　主管水利系統開(kāi)發(fā)建設的水電，對農村小水電站及小電網(wǎng)進(jìn)行歸口管理；組織實(shí)施全國第二批200個(gè)農村水電電氣化縣建設工作。

　�。ㄊ�）水文司

　　對全國水文工作進(jìn)行行業(yè)管理；負責部屬水文站網(wǎng)的建設和管理；組織全國水資源調查評價(jià)。

　�。ㄊ�一）水利管理司

　　負責河道、水庫、湖泊、海堤等水域、岸線(xiàn)、河口灘涂以及水利水電工程的管理和保護；對江河和水利工程的防洪安全進(jìn)行行業(yè)管理；對全國水庫大壩安全實(shí)施監督管理；歸口管理水庫漁業(yè)和水利旅游事業(yè)。

　�。ㄊ�二）農村水利司

　　主管農田水利、灌區、機排灌站以及牧區水利和鄉鎮供水、人畜飲水工作；組織指導全國農田水利基本建設和農村水利社會(huì )化服務(wù)體系建設；負責農村節水工作。

　�。ㄊ�三）水土保持司

　　主管全國水土保持工作，組織全國水土保持重點(diǎn)治理區的工作，協(xié)調水土流失綜合治理；對有關(guān)法律、法規的執行情況依法實(shí)施監督。

　�。ㄊ�四）機關(guān)黨委

　　負責部機關(guān)及在京直屬單位的黨群工作。

　　四、人員編制和領(lǐng)導職數

　　水利部機關(guān)行政編制為365名。其中，部長(cháng)1名，副部長(cháng)4名；正副司局長(cháng)44名（含正、副總工程師各1名，機關(guān)黨委專(zhuān)職副書(shū)記2名、機關(guān)紀委專(zhuān)職書(shū)記1名）。

　　紀檢、監察、審計等派駐機構和參事、老干部、后勤服務(wù)機構及編制，按有關(guān)規定另行核定。

　　國家防汛抗旱總指揮部辦公室仍單獨設立，其事業(yè)編制另行核定。

　　因機構改革和人員分流需組建的事業(yè)單位，按有關(guān)規定辦理審批手續。

　　五、關(guān)于理順和電力部關(guān)系的幾個(gè)問(wèn)題

　　經(jīng)水利、電力兩部協(xié)商議定：

　�。ㄒ唬┧�電是水資源綜合利用的一個(gè)重要方面，水電規劃（包括小水電和小電網(wǎng)建設規劃）應符合流域規劃和電力發(fā)展規劃。水利部負責開(kāi)發(fā)以防洪、灌溉、供水為主的水電站，原水利部門(mén)管理的大中型水電站、小水電及其小電網(wǎng)，仍由水利部門(mén)管理。今后水電站建設管理，隨著(zhù)市場(chǎng)經(jīng)濟的發(fā)展和完善，按照“誰(shuí)投資、誰(shuí)受益”的原則，推行業(yè)主責任制，由業(yè)主負責建設管理。水電站建成后，凡與大電網(wǎng)相聯(lián)的，按照并網(wǎng)協(xié)議，由電網(wǎng)實(shí)行統一調度。

　�。ǘ�）大、小電網(wǎng)交叉供電的地區，應統籌規劃，避免重復建設，實(shí)現共同發(fā)展。

　�。ㄈ�）水電站水庫的運用，原則上應按設計文件執行。以發(fā)電為主的水庫，汛期組成有電力部門(mén)參加的防汛指揮部，汛限起調水位以上防洪庫容及供水調度運用，要服從防汛抗旱指揮部的統一調度；汛限起調水位的變更和確定，由水庫大壩主管部門(mén)商省防汛指揮部門(mén)確定；汛限起調水位以下的興利庫容運用中有關(guān)灌溉、供水等水資源綜合利用，由水利部門(mén)提出建議商電力部門(mén)確定。水電站的調度，由電力部門(mén)負責。

　�。ㄋ模┺r村電氣化由電力部歸口。水利部負責國務(wù)院安排的第二批200個(gè)農村水電電氣化縣建設工作。

　�。ㄎ澹╆P(guān)于水利部同原能源部共管的單位，應在明確水利、電力兩部職能分工的基礎上協(xié)商解決。

　　六、七大流域機構的職能

　　長(cháng)江、黃河、淮河、海河、珠江、松遼水利委員會(huì )和太湖流域管理局等七個(gè)流域機構是水利部的派出機構，國家授權對其所在流域行使水行政主管部門(mén)的職責。